西暦2000年、南極大陸で発生したセカンド・インパクトは、海面水位の上昇や異常気象などを引き起こし、地球環境を一変させる。セカンド・インパクトの混乱で世界の人口は半減、人類は地獄を見たのだった。
時は流れ、2015年。水没した旧東京に代わり、日本国政府は首都を長野県松本に遷都、第2新東京市を制定する。また箱根には、新たな首都になる予定の対迎撃要塞都市、第3新東京市が築かれていた。セカンド・インパクトの衝撃で地球の地軸が変わったために、季節が一年中夏となった日本に、ゼーレのシナリオ通り、15年ぶりに第3使徒が襲来。特務機関ネルフは、使徒迎撃のために開発した汎用人型決戦兵器人造人間エヴァンゲリオンを出撃させる。エヴァンゲリオン専属パイロットのサードチルドレン・碇シンジ、ファーストチルドレン・綾波レイ、セカンドチルドレン・惣流.アスカ.ラングレーは、次々と襲来する使徒と、壮絶な戦いを繰り広げることになる。
ネルフ、人類補完委員会、日本国政府、ゼーレ、それぞれの思惑が交錯する中、碇シンジはエヴァに搭乗して戦うことに苦悩する。アスカやレイもまた、それぞれの不安や葛藤を抱えていたのだった。